真新鎮的少年小智，為了成為神奇寶貝大師，而從大木研究所領取初選神奇寶貝，但卻因為原本預定的三隻都被領走了，不得以只好選了後補非新手使用的皮卡丘。 雖然發生了很多事，皮卡丘一開始也不願意親近他，但他最後還是和皮卡丘成為好朋友，並且結識了同伴-華藍道館的小霞及尼比道館的小剛，三人於是一同踏上旅途，途中更不時出現想要搶奪皮卡丘等神奇寶貝的邪惡組織-火箭隊兩人一貓組，為這場冒險增添了不少風波。
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