工藤新一是一位經常幫助警察破案的17歲高中生偵探；某天新一和他的青梅竹馬毛利蘭在熱帶樂園遊玩期間目擊一位黑衣人正在進行的交易行動，他獨自前往交易現場時太過於專注窺視而忽略黑衣男子的同夥在自己從背後，因此新一遭到擊昏並且灌下代號為「APTX-4869」的神秘藥物雖然僥倖免難卻發現自己變成小學學生的模樣。 新一為了不讓黑暗組織的成員發現他的存在讓自己的親朋好友陷入危險當中，於是他在鄰居阿笠博士的建議下化名為江戶川柯南寄住在小蘭的父親毛利小五郎家中。同時化名柯南的新一憑藉著過人的推理能力以及使用阿笠博士為自己所發明的各種道具讓小五郎成為全日本知名的名偵探（沉睡的小五郎），他藉由平時的案件調查找尋有關黑暗組織的線索與情報藉此找出讓自己能夠恢復原狀的解藥。
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