故事的主角里見孝太郎，在高中入學前因為父親調職而開始一個人生活。孝太郎租下了房租每月五千日幣，免押金、禮金，價格特別便宜的屋齡25年公寓，可樂娜莊的106號房，決定住進這間只有三坪大的房間開始新生活。但106號房卻是間因為鬧鬼，從來沒人能久租的房間。 開學典禮當晚，謠傳中的幽靈———東本願早苗出現在孝太郎面前。早苗主張是她先開始住在106號房，在雙親回來之前必須一直等在這裏，而想把孝太郎趕出房間。兩人爭了一個晚上沒有結果而暫時休戰，沒想到隔天自稱魔法少女的虹野由莉佳破窗而入，再過一天又出現號稱古代文明末裔的地底人少女———倉野奇莉華，接着是外星人——―神聖佛德賽銀河皇國第七王女提亞蜜思林·葛雷·佛德賽，每個人都各懷鬼胎，想將106號房佔為己有，讓房間陷入一片混亂。 幽靈，Cosplay少女，地底人，外星人———在與三坪少女們鬥智鬥勇的生活中，以106號房為起點的奇幻故事正式開幕！
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