在草薙離開兩年之後,新生公安9課正在追查著一起恐怖份子的連續自殺事件。與微機械病毒遭竊事件有著奇妙關聯的兒童誘拐事件不斷發生,在事件背後還存在著一名神秘的駭客「傀儡師」的影子。當調查陷入混亂之時,巴特開始懷疑傀儡師和草薙之間的關聯,沒想到傀儡師卻打算拿德古沙來當作下一個犧牲對象。傀儡師的的真實身分,以及神秘的關鍵字「Solid State」究竟是…?