15年前，一場前所未有的大災難「第二次衝擊」席捲全球，令半數人類死亡，世界各地亦留下了大破壞的痕跡。15年後的日本，14歲的少年碇真嗣被三年未見面的父親碇源堂召來第3新東京市，等待接駁時，看見聯合國軍隊正在和稱為「使徒」的巨大神祕生物激烈交戰。使徒展開類似防護罩的「AT力場」，將攻擊通通擋下。真嗣受到波及陷入危機，前來接迎的葛城美里將他救出，並載著他來到特務機關NERV本部。真嗣和父親久別重逢，卻馬上被父親帶往參觀巨大人型兵器「終極泛用人型決戰兵器 人造人福音戰士」的初號機，並被要求駕駛初號機與使徒對抗。雖然真嗣採取反抗態度，但在看到要替補他的女性駕駛員綾波零的傷勢後，終於否定了逃避念頭，決意出擊。
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