地球人在殖民星索羅星上，發現了「第六文明人」的外星人留下的遺跡。同一時間，外星人巴夫克蘭人為了研究他們傳說中的伊甸（イデ）之力，而來到這個殖民星上。因為雙方發生誤會，巴夫克蘭人向殖民星上的地球人開戰，而主角尤基·柯斯摩駕駛機器人伊甸王（イデオン）和巴夫克蘭人戰鬥。基於持續的誤解、仇恨和希望得到無限能源伊甸之力的緣故，故事就此開展。 為了避開巴夫克蘭星球大軍戰火，主角與同其他角色去地球尋求庇護，可是聯邦國大軍拒絕主角和角色庇護。隨後收集補給物資後，為了尋找安全的星球而開始了一去不返的旅程。
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