故事揭幕於1987年的日本,喬納森·喬斯達與宿敵DIO決戰的一百年後,DIO於大西洋下意外被打撈上岸而重生。同時,喬瑟夫的外孫,空條承太郎突然發現自己有一種名幽波紋的能力,起因於DIO的替身能力的覺醒,而同時影響了對替身沒有抵抗能力的空條荷莉,令她陷入病危;為了拯救命在旦夕的母親,承太郎、喬瑟夫、花京院典明與阿布德爾一行出發前往DIO的藏匿地:埃及。