被無法與人類溝通的異生物——奇居子破壞的太陽系，只剩下一小部分的人類尚存活。為了生存，他們製作了如同小行星般巨大的宇宙播種船，並在宇宙中進行旅行。在千年後的今日，這支原本龐大的艦隊早已四散漂零，倖存的播種船也大多在孤軍奮戰——— 在原本由日本國政府建造的播種船希德尼婭上，在地下層部長大的少年穀風長道自祖父死後在尋找食物的過程中誤入上層市區，並在一番追逐後被逮捕，令他意外的是，艦長小林並未加以處罰，而是將其送入人型兵器「衛人」的操控師訓練學校，並要求他成為一名衛人駕駛員為希德尼婭效力。 在這段暴風雨前的寧靜之中，他認識了第一個友人科戶瀨伊佐奈，並對星白閒開始抱有異性意識，並認識了岐神工業的少當家，高傲的岐神海苔夫。 和各式各樣的訓練師一同度過校園生活的谷風長道，獲得了首次的任務。雖然不是非常艱難的任務，但在谷風長道和隊友們面前，突然出現了奇居子！遭遇沉寂了100年後的突襲，初入敵陣的谷風長道和隊友們將如何應對？ 關乎人類存亡的戰鬥現在開始了！
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