以2015年日本的第二首都：擁有18萬人口的東京都立川市為舞台，將生命體所擁有的精神特異能力實體化後產生的能量物體被稱為「NOTE」，把這種物體提煉後用於製作特殊服裝中、身著這種強化衣裝的戰士就被稱為「科學小飛俠」。在地球上的科學小飛俠都是由評議會所派遣來的宇宙人，以及具有天分的地球人，他們的任務就是保護地球上的資源和人類的生命，避免其落入來自外星球的犯罪者手中。而最近，評議會開始調查一種被稱為「MESS」的神秘存在以及對應方式……。
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