時為西元2027年，『公安九課』當時還不是第一線的攻性部隊。就在荒卷感受到各種公安搜查上的手段面臨瓶頸時，在他的面前出現了一位女性——隸屬陸軍『501機關』的草薙素子三佐。擁有最高水準的物理戰技及電腦戰技能，但卻魯莽且不通人情世事的草薙，跟荒卷建立了不離不棄的關係，面對各種不斷發生的犯罪。不過這也意味著草薙必須重新審視培育她的『501機關』與自己之間的關係；也與身兼保護者的女上司——充滿野心的徠津中校中校產生了疙瘩。而在這個時候，更出現了一個謎般的病毒：『火種』。 在面對困難案件的過程裡，草薙跟「有著不眠之眼的前特戰隊員」、「有家累的特搜刑警」等相當有個性的人物意氣相投。不知從何開始，草薙為了她與荒卷的共同目標——創設一個「對犯罪隨時主動出擊的精銳實力部隊」而開始將這些人糾集在一起。『攻殼機動隊ARISE』——這是個草薙被稱為『少校』之前的故事。
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