朝霞映照的海面上，漂浮著一艘裝滿炸彈謎一般的船隻。這艘船就是一切的開始。地點是京都舞鶴港外海。海上自衛隊舉辦了難得的宙斯驅逐艦體驗航海。電子武裝的高科技艦船展開的驚心動魄的航海。柯南、毛利蘭、毛利小五郎、偵探團正在享受時，突然之間，響起巨大的聲響，艦內回蕩起騷動的氣氛。不久，發現了失去左臂的遺體！而且是自衛隊員的遺體！遺體旁邊留下了幾個可疑次處……參與搜查的柯南，知道艦內潛入了某國的間諜「X」。究竟間諜「X」是何人？和迷船又是甚麼關係？不久，間諜的身影開始接近柯南他們……這次航海隱藏著巨大的陰謀，遠遠超出了想像，將影響整個日本！
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