江戶川柯南與少年偵探團、灰原，一起來到球場觀賞足球比賽。就在同一時刻，毛利偵探事務所突然接到一通預告將進行大規模爆炸攻擊的電話！這不是遊戲或假消息。宛如是在對小五郎挑釁般，停在事務所外路邊的汽車剛好在此時爆炸！阻止犯人的方式只有一個，那就是解開犯人留下的神祕暗號！青色少年與青色斑馬，從上面的雨……從下面有人用左手指示……解開恐怖的暗號炸彈究竟被裝在哪裡？在目暮警部的陪伴下，小五郎與小蘭於米花市內四處尋找炸彈，卻被這個神秘暗號耍得團團轉，完全找不到線索。時間只剩下最後的45分鐘！柯南接到一籌莫展的小蘭打來的電話，才知道這起嚴重事件的發生，並在窘迫的時限下試圖解開暗號……
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