在學園都市製作的宇宙升降機「安迪米昂」完成在即的某一天，上條當麻和茵蒂克絲與一位無能力者少女鳴護艾麗莎相遇了。茵蒂克絲與艾麗莎兩人因為「旺盛的食慾」這樣謎一般的羈絆而意氣相合起來，就在三人享受放學後的愉快時光之時，帶著魔法師的史提爾突然發動了襲擊。而本次襲擊的目標正是艾麗莎。為何身為科學世界的艾麗莎會被魔法世界的人追擊？因為受到了魔法世界的強烈攻勢，學園都市一側的莎特奧拉·塞昆齊亞率領著秩序維護部隊開始了行動。 上條與茵蒂克絲還有艾麗莎他們因被捲入這樣的狀況而極度混亂迷茫，史提爾對他們這樣說道：『那裡的她，將會引發魔法世界跟科學世界之間的戰爭。』。在科學與魔法交匯之時，以「安迪米昂」為舞台的故事開始展開。
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