以明治維新後的京都為舞台。人類與妖怪一起生活著、但每天卻會有一些未經政府許可而出現的妖怪到處作亂。為了逮捕它們以守護京都的治安，因而成立機動新撰組。但是過於龐大的債務，讓新撰組出現經營危機。為了讓新撰組能繼續存在，坂本龍馬的兒子、坂本龍之介從上海回國受命經營並且與這些個性豐富的隊員們一起過著多采多姿的生活。
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