就讀國中三年級的日暮籬是一名家住在神社的普通青少女。她15歲生日那天被妖怪百足妖婦拖入神社的枯井中，來到五百年前的日本戰國時代與已被封印的半妖少年犬夜叉相遇。犬夜叉自稱是為得到四魂之玉以成為真正的妖怪的半妖，然而實際上並非完全如此。來到戰國時代的日暮籬被誤認為是已逝世的巫女桔梗，後因其靈力、相貌及體內的四魂之玉被眾人認為是桔梗的轉世。日暮籬在一次危機中喚醒犬夜叉，又不小心將四魂之玉用箭射碎，散至各地。為了收集四魂之玉碎片，犬夜叉與日暮籬踏上旅途，和後來相遇的小妖狐七寶、法師彌勒和驅魔師珊瑚一同搜集四魂之玉，並向著打倒同樣是收集四魂之玉的妖怪—奈落為目標出發。
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