主角遊城十代在前往決鬥學院實技測驗的途中，與傳說中的決鬥者：武藤遊戲偶遇，並從武藤遊戲手中獲得一張幸運卡「天使小精靈」。入學後為了奪取被封印在決鬥學院地底遺跡中，擁有毀滅世界力量的三幻魔「神炎皇烏利亞」、「降雷皇哈蒙」、「幻魔皇拉比耶魯」，出現名為七星（SEVEN STARS）的黑暗決鬥者。遊城十代、天上院明日香、萬丈目準、三澤大地、丸藤亮、庫洛諾斯老師和大德寺老師，被選為七精門鑰匙的守護者。每場決鬥都是黑暗決鬥（三澤大地與塔妮雅的決鬥例外），輸了的話靈魂會被封印。後來意外發現大德寺老師就是最後的七星，十代打敗大德寺老師後知道了事情的原委，並得到賢者之石的魔法卡。該卡片也在十代與七星幕後藏鏡人影丸的決鬥中帶來極大幫助，十代獲勝後亦隨著任務完成而消失了。
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