武藤遊戲收到一卷神秘的錄影帶，這是由千年神器中千年眼的擁有者，同時是戰鬥怪獸卡的創始人貝卡斯·J·克羅佛多使用黑暗決鬥向武藤遊戲發出的挑戰，由於武藤遊戲因時間終止而敗北，使得爺爺雙六的靈魂被千年眼的力量封印，為了救回靈魂被囚禁的爺爺，武藤遊戲前往決鬥者王國向貝卡斯挑戰，與心中的另一個自己、好友城之內克也及其它夥伴們並肩作戰，一路上打倒其它的決鬥者。另外，海馬瀨人也為了弟弟圭平向貝卡斯提出挑戰，結果海馬卻敗給貝卡斯，靈魂也被封印。不過遊戲最後擊敗了貝卡斯，成功拯救爺爺與海馬兄弟。
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