在明治十一年的東京下町，身攜逆刃刀，懷著「不殺」理念的劍客緋村劍心，與神谷薰、明神彌彥、相樂左之助等人相遇。然而在他們解決了諸多事件後，故事舞台一轉來到京都，劍心與宿敵志志雄真實一行人展開死鬥的故事就此展開。
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