在研究存在著怪獸的異次元世界「六門世界」，及當中存在的「怪獸精靈之寶」的科學家柊一郎兵衞，成功研發可連繫人間界及六門世界的極速飛快龍。他的女兒柊六奈，與同樣相信六門世界存在的同班同學大矢門斗一同開始在六門世界的冒險旅程。但同時，希望征服六門世界的收集伯爵一行人亦成功研究出通往該處的方法，並企圖破壞該處安寧。 門斗與六奈組成了怪獸精靈武士，聯同六門世界的怪獸合力驅趕收集伯爵，並以兩個世界的友好作目標。
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