為了搶奪地球，新的敵人以及謎之巨大怪物體從宇宙出現，而超進化研究所秘密開發的「新幹線變形機器人ALFA-X」是掌握著一切的關鍵。 由於突然出現的敵人，強大攻擊導致父親北斗失蹤了，隼人變得坐立不安。此時，出現在他面前，竟是穿越時空而來的「9歲北斗」。隼人為了守護地球，少年北斗想返回自己原本的世界，兩人找上最新技術「新幹線變形機器人ALFA-X」的駕駛員，並集合北海道支部、山形支部、大宮支部、名古屋支部、京都支部、門司支部的「新幹線變形機器人戰隊」對抗宇宙最強的敵人。新幹線變形機器人戰隊能否維護日本的和平安全？隼人和父親北斗能否再會？少年北斗是否能平安回到原本的世界？
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