近未來，地球上的人類的安危被來自冥王星的巨大隕石Thanatos所威脅著。為了對抗Thanatos，人類以國際太陽系開發機構「ISDA」為發足點，秘密進行著一向不為人知的開發計劃，這個計劃被命名為「D計劃」，這個計劃的內容為利用在小笠原近海發現的謎之生命體「龍」進行生態兵器的開發，然後利用「龍」去直接破壞Thanatos，正在這個計劃正在推進的同時，因事故在兩年前失去家人的孤獨少年與搭救他的謎之少女命運般的相遇了……
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