故事內容發生在日本戰國時代，出生農家忍者家庭的亂太郎，為了成為菁英忍者進入忍者學校就讀。他就讀在一年葉組時認識了新兵衛和霧丸，三人成為了好朋友。每集內容主要講述三位忍蛋在忍者學校發生的趣事。 在角色陸續增加後，忍亂的劇情也逐漸不再固定圍繞三人組，而是變成群像單元劇，時常會有不同角色或團體擔任當集主角——這其中不僅有學校里的學長和教職員們，也包括校外各個或敵或友的個體或組織。
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