葛城美里領導部分前NERV成員組成反NERV組織「WILLE」，對NERV的EVA進行殲滅行動。WILLE所屬EVA改2號機和8號機在衛星軌道上對被NERV封印的初號機進行奪回作戰「US作戰」。 改2號機受到自動防衛系統「Mk.04A」的攻擊，在8號機的援護射擊下進行突破。接著遭到與初號機收容在一起的「Mk.04B」的阻擊而面臨墜入大氣層燒毀的危險，明日香向真嗣求救，暫時覺醒的初號機將Mk.04B消滅，2號機和初號機一同返回地球。作戰成功。
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