在舊北極的伯達尼基地，被解剖了的第3使徒逃脫封印，隨後由真希波駕駛EVA暫設5號機迎擊。受到重創的5號機破壞使徒核心後，插入栓脫離、機體自爆。 鏡頭轉到第3新東京市，碇真嗣與父親源堂到母親碇唯的墓碑前掃墓。回途中第7使徒來襲，明日香駕駛EVA2號機登場迎擊、將其殲滅。之後明日香與真嗣一樣搬到了葛城美里家，並轉學到了同一所學校。 加持良治邀請真嗣、綾波零、冬二、劍介以及明日香參觀將紅色海水還原的機構，真嗣在加持的話語中知道了美里加入NERV的原因，也就是第二次衝擊。衛星軌道上出現的第8使徒發動重力攻擊，美里制定三架EVA共同作戰計畫。在使徒快要墜落於第3新東京市時，初號機用A.T.力場承接，核心則由零號機固定，2號機將其擊破。初號機和零號機都受了相當嚴重的損傷，修理期間真嗣等人度過了一段快樂的校園時光。另一方面，月球表面的塔布加基地正在建造一台新的EVA。
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