公元2099年，地球環境已瀕臨毀滅的邊緣，人類不得不把地球上的污染源全部轉移到一顆叫B25號的小行星上。數年後，B25產生了一股黑暗勢力——煞星軍團。他們妄圖在地球上找到傳說中的能量水晶，從而占領地球，並摧毀地球上的一切生物。四個孩子偶然發現了神秘的晶碼機和晶碼獸，並被賦予了拯救地球的重大使命。他們憑借與晶碼獸的默契和信任，挫敗了煞星軍團的陰謀。
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