西元2030年時，網路的加速性發展，也帶來了犯罪的複雜化，以事先找到犯罪的種子，並消除其危險性為目的的組織—公安九課被設立了，該組織是直屬日本內務省的獨立部隊，一支高度義體化並擅長電腦戰的特殊部隊，俗稱「攻殼機動隊」。從電腦犯罪、國內要人的保護、兇惡殺人犯的搜索、揭發政客的貪污、抑制恐怖活動的發生到不能公開的暗殺，都是公安九課工作範圍。
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