高智慧行星ZI瀕臨毀滅,居民逃離自己的家園,奔向地球。在旅途中內戰爆發,宇宙船墜毀在地球,機獸新世紀ZOIDS散落在地球的各個角落,危害人間。少年裡奧遇見了握有神秘力量的少女莎莉,帶著機械獸夥伴踏上拯救地球的征途。