母親很早就過世的主角少女，奈奈美，與海洋生物學者的父親，史考特與夥伴阿爾，還帶著朋友堤可這個殺人鯨沿著海洋調查船「佩佩倫奇諾號」一起生活，並在全世界各地旅行者。目的是尋找傳說的生物「光明鯨」，不過那卻是很難看的到的生物。喜好冒險的女大學生小姐，雪莉兒，史考特大學時學長的兒子，湯瑪斯與朋友的加入，為了尋找光明鯨，便向全世界的海洋展開冒險的旅程。 但是，要求尋找發光能源的組織「CMC」發現光明鯨有所謂電子能源反應的事情，而CMC他們捕獲了光明鯨，並且開始生態調查。但是不贊成人類為了追求技術進步，而要犧牲其他的生物的史考特，因而進入了CMC裡面。
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