草間大作乘船返回日本途中，於海上遭到怪物襲擊，全船沉沒。草間大作與另一生還乘客嵐十郎漂流至附近荒島。他們發現島上是由宇宙人哥羅丁大帝領導的世界犯罪集團——BF團的秘密基地。草間大作與嵐十郎發現此基地正在完成一具擁有智能電腦的巨型機器人GR1——機械巨神。草間大作其後發現用於操控機械巨神的手錶型傳訊器，更意外地用自己的聲音啟動了機械巨神。從此草間大作便成了機械巨神的操縱者。之後草間大作加入了嵐十郎所屬的麒麟情報局。對抗BF團征服世界的野心。
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