Gradius星的馬克貝因主席所搭乘的太空船被不名的宇宙氣團吸入後，便失去了連絡與行蹤。Gradius軍派遣丹恩、史蒂芬妮、艾迪三名駕駛前去失蹤地點調查。雖然沒有發現失蹤的太空船，但卻發現了一個逃生艇上的搭乘員帕歐拉。 帕歐拉表示，她原本所居住的星球被一個不明生命體「Bacterion」所毀滅，而她是該星球上的唯一生還者。她希望可以及時警告Gradius星球上的人們關於Bacterion的威脅。但是除了同樣是過去逃難至Gradius的艾迪之外，幾乎沒有人相信她所說的話。
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