以2010年為故事舞台，描述太一和其他被選上的孩子們都長大成人了。這時被選上的孩子們周遭卻發生了異變，專門研究研究數碼寶貝的專家梅諾雅告知他們，長大成人之際，過去伴隨著的數碼獸們也將隨著時間消逝，而戰鬥則可能會加速別離的時間，究竟造成這個事件的背後是？
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