在公元2034年，也就是攻殼機動隊難民事件之後的第二年。少佐草薙素子離開了善於開展電子戰的反恐以及刑偵的精英單位——公安九課。之後，公安九課擴招了20名戰鬥特工，而德古沙此時則作為前線指導員。九課遭遇到了神秘的十三起自殺事件。自殺的13人均為解散的西亞克共和國的特工，其餘的特工則被發現正於日本尋求庇護。公安九課試圖抓捕凱歌陸——前西亞克恐怖團體的團長。此人正挾持一名人質，希望能夠安全的離境。歌陸恐懼地說：「傀儡師」將會過來取他性命。之後此人飲彈自盡。
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