GODZILLA 決戰機動增殖都市

21世紀初，人類將大多數人留在了被哥斯拉蹂躪的地球上，只有少數被選中的人乘坐恆星間移民船·阿拉特拉姆號前往可移居的「約定之地·τ星e」。但是計畫失敗，人類只能重新回到地球。然而由於長距離亞空間航行而產生的時空扭曲，把人類本應返回的地方變成了「兩萬年後的地球」。在地球上，主人公晴生等人遭受哥斯拉攻擊的同時，與艾克西夫和畢魯薩魯多這兩個外星種族一起實施了20年來策劃的「對哥斯拉戰術」，通過殊死搏鬥成功擊倒了哥斯拉。 然而這種喜悅並沒有持續多久，在地下深處，真正的哥斯拉———「哥斯拉·地球」出現了。在這兩萬多年間不斷成長生存、進化成體高300米、質量超過10萬噸的超巨大哥斯拉的壓倒性破壞力面前，晴生等人落花流水。 而拯救晴生的，是被認為人類倖存者的「弗圖亞」人，米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——「弗圖亞的神也被哥斯拉擊敗，現在只剩下卵。挑戰者，抵抗者，全都被火焰吞沒了。」面對這樣的他們，晴生回答道:「這是把地球奪回人類手中的最後機會。」 與此同時，畢魯薩魯多的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞拿著的箭頭是由「自律思考金屬體·納米金屬」製成而感到高興。這與21世紀他們在富士山麓作為「對哥斯拉決戰兵器」開發，但在啟動前被破壞的「機械哥斯拉」的物質相同，這是當時研發的機械裝置至今依然存在的證明———