「我想請你們幫我解決某起事件，但如果你們失敗的話……」 在神秘委託人的招待下，小五郎與柯南一行人來到了神奈川縣橫濱市。一行人受邀來到一座遊樂園，沒想到卻掉入神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 「你能了解失去心愛的人，是什麼樣的心情嗎？工藤。」 這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身份，難道是……就在同時，「關西的高中生偵探」服部平次的青梅竹馬遠山和葉也被抓走作為人質。追查著怪盜基德的「高中偵探始祖」白馬探，也接到了神秘男子的委託。這些偵探們一同挑戰謎題。 但是，當柯南他們正努力調查敵人的真面目之時，卻同時也面臨著一連串的危機。而眾人追查已久的怪盜基德，居然也在此刻現身！柯南、平次、白馬、基德以及小五郎與其他刑事們，將攜手挑戰這次的強敵。時間一分一秒地逼近著，當大家就要解開所有的謎題時，敵人卻又設下了最後一道陷阱。柯南的身體究竟會……
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