第一次冒險的三年後,2002年數碼世界又隨即開始出現新的危機,為此而出現了新的被選召的孩子們來拯救這個世界,畢竟除了高石岳和八神光外,原本被選召的孩子們都進入國中或出國,無法再長時間地守護數碼世界和他們的搭檔數碼獸;某日,一位自稱暴龍改造者的天才少年一乘寺賢突然出現,不但攻擊數碼獸,還利用黑暗螺旋環和黑暗之塔企圖控制和奴役數碼獸,在他的處處逼迫之下,數碼獸迫於無奈展開戰鬥。