故事背景發生在日本戰國時代。出生於普通家庭忍者的亂太郎，為了不負父母的期望成為精英忍者而進入忍術學園。在那裡認識了貿易富商的兒子新兵衛以及在戰爭中失去雙親的霧丸，三人成為好朋友並組成了三人組。 忍術學園的目的是培養「忍蛋」。學校裡有教授不同學科，個性相異的老師、高年級的天才忍者、女忍者、忍犬喜姆，古怪的校長大川平次等渦正，總之非常熱鬧。 亂太郎們三人組在上課和考試時常常失敗，並且總是在問為什麼，但他們仍堅持立志成為一流忍者。忍術學園校長變化無常，總是做出奇奇怪怪的決定，因此發生了許多有趣的事情，亂太郎他們也經常被捲入，但是忍蛋們每天都保持開朗、開心、愉快。
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